En cuanto a la flora patógena, es evidente que la carne de pintada es una de las mayores fuentes de toxiinfección en el hombre. Los principales agentes causantes son: Salmonella, Clostridium perfringens y Staphylococcus aureus enterotoxigénico, sin olvidar algunas enfermedades entéricas provocadas por otros microorganismos, especialmente Escherichia coli enteropatógeno, Yersinia enterocolítica y Campylobacter jejuni.
Los parámetros microbiológicos exigidos por la legislación para la comercialización de canales frescas son aerobios mesófilos, psicrotrofos, E. coli, Cl. perfringens, S. aureus y Salmonella.