«La Orden Carmelita surge en el siglo XIII en el Monte Carmelo, en Tierra Santa. Peregrinos venidos desde distintos lugares se habían congregado en dicho lugar, con ánimo de imitar el ejemplo de vida eremítica de los antiguos profetas Elías y Eliseo, a quienes la Orden tendrá por primitivos fundadores y orgullo de su antigüedad. En dicha centuria, estos ermitaños se dirigen al Patriarca de Jerusalén, Alberto de Vercelli, representado en un lienzo en la clave de la bóveda de la nave de la iglesia de carmelitas de Úbeda, a los pies del templo, para que les otorgue la que será su primitiva regla de vida en común.
La extensión de la Orden fuera de su lugar originario y, con las incursiones sarracenas, más allá de Tierra Santa, hará necesaria la adaptación de la misma, pasando de una vida eremita a otra más urbana, que la aproxima a las órdenes mendicantes de franciscanos y dominicos. Ello tendrá lugar con la Primera Mitigación de la Regla, otorgada por Inocencio IV en 1247. La extensión sin precedentes de la Orden dará lugar a una Segunda Mitigación, la de Eugenio IV en 1432, que vendrá a permitir comer carne o salir de las celdas, lo cual sería considerado por algunos sectores como una alteración sustancial de la primitiva regla albertina, dando lugar a reformas como la emprendida en el siglo XVI por los españoles Santa Teresa de Jesús y San Juan de la Cruz. Con ellos surge la rama descalza de la Orden; aunque, en origen, no pretendieron una escisión sino una vuelta a los prístinos comienzos.
También hemos de señalar que todo lo que hemos indicado hasta ahora se refiere al Carmelo masculino, puesto que la rama femenina no nacerá oficialmente hasta 1452.
El escudo carmelita representa el Monte Carmelo y tres estrellas, que se interpretan como los carmelitas que han alcanzado la perfección que supone la vida carmelita (las dos estrellas sobre la montaña) y los que están aún en camino (en el monte). El escudo correspondiente a los Descalzos añade la cruz sobre el monte. Dos escudos de este tipo campean en los restos que se conservan del retablo mayor de las carmelitas ubetenses. Y en su fachada externa, sobre la corona, podemos ver también el brazo del profeta Elías, sosteniendo la espada flamígera, en alusión a los orígenes a los que la Orden se remonta.
Por lo que respecta a la fundación de Úbeda, es vital la muerte de San Juan de la Cruz en el convento masculino de San Miguel el 14 de diciembre de 1591. El que era entonces superior de la congregación, fray Fernando de la Madre de Dios, a la sazón prior de la misma, desea crear un monasterio de la rama femenina de su Orden en la ciudad que había sido lecho mortuorio del santo. Para ello, y sabedor de la importancia de contar con un apoyo fundacional para crear un nuevo cenobio, se dirige a una prima y confesada suya, doña Jerónima Enríquez de Carvajal, viuda y sin hijos, quien aportará la primitiva casa, ubicada en la collación de Santo Tomás, en la calle Beltrán de la Cueva, cerca, por tanto, de los frailes, y una renta de cien ducados anuales. Era vital para toda fundación, y más si ésta era de monjas de clausura, contar con este respaldo, ejercido en la Edad Media por reyes y más tarde por nobles y personas principales adineradas, lo cual permitía a las nuevas fundaciones contar con una sede donde residir mientras se iba edificando la nueva, y disponer de ingresos para sufragar las obras y permitir la supervivencia. Esto es importante tenerlo en cuenta para entender los avatares que sufrió el monasterio de la Purísima Concepción de Úbeda.
La primera comunidad entra en las casas de doña Jerónima el 9 de junio de 1595, pero el carácter de ésta debía ser harto difícil, inmiscuyéndose en demasía en la vida religiosa y tratando a sus protegidas más como sirvientas que como monjas. Hecho que determina la salida apresurada, en 1602, de la congregación de su primitiva morada, para ubicarse en un lugar insalubre en lo físico (por las continuas inundaciones sufridas en el lugar) y en lo espiritual (con mancebías), a las afueras de la ciudad, junto a la Puerta de Granada, entre las calles Cotrina y Molinos, contraviniendo así las reglas dadas por el Concilio de Trento acerca de la fundación de conventos, a lo que vendría a sumarse el pleito con el Santo Oficio de Granada, propietario también de la casa. Sin la protección de un patrono, en una casa que se les derribaba, en pleito con el Santo Oficio y en mala vecindad, el obispo don Sancho Dávila, enfadado, las excomulga.
Viendo que las posibilidades de continuar en el lugar eran escasas, con todos los permisos pertinentes y previo envío de un hermano tracista para localizar el lugar correcto y orientar la futura construcción, en 1607 se adquiere la primera casa en la calle Montiel a Bartolomé Sánchez de Mesa. El nuevo lugar sí que era el adecuado para la nueva fundación. Se ubicaba cerca del de San Miguel, recuperando así el primitivo contacto con San Juan de la Cruz, en el centro de la ciudad (el Paseo del Mercado), pero convenientemente apartado del bullicio urbano, cercano a otros conventos (el de dominicas de la Coronada, el de los carmelitas, el de mercedarios, el de dominicos de San Andrés) y en alto, lo que impedía el «enseñoreo», la visión del interior de la clausura desde otros edificios más altos cercanos. En 1608 se muda la nueva comunidad a la que sería su definitiva morada, a la vez que se irían adquiriendo las casas que conformarían el actual solar y algunas calles cedidas por el Concejo, entre ellas una que iba tras la muralla, desde el Arco de la Coronada al del Losal.
Antes de seguir adelante hemos de señalar quiénes formaron la primitiva comunidad religiosa de carmelitas de Úbeda. Las primitivas monjas vinieron de los conventos de Sevilla, Granada, Sabiote y Beas de Segura (éste, el único convento fundado en tierras de Jaén por la propia Santa Teresa). Entre esas primitivas religiosas destacó la priora, Ana de la Encarnación. De noble cuna, del linaje de los duques de Nájera, había estado en la Corte de Felipe II e Isabel de Valois, a cargo de las gemelas Isabel Clara Eugenia y Catalina Micaela; pero, muy joven, decidió tomar el hábito en Pastrana, desde donde pasó por diversos conventos en Segovia, Granada, Sevilla, hasta llegar a Úbeda, donde estuvo seis años, regresando a la ciudad de la Alhambra. Había tenido contacto directo con los reformadores, San Juan y Santa Teresa. Muy notable fue también la conocida en el siglo como María Machuca, granadina, quien perdió a toda su familia, salvo un hermano que también sería religioso, en una epidemia. Carecía de dote (requisito muy importante que ayudaba, junto con el auxilio de los patronos, a la supervivencia de los conventos), pero la intervención de San Juan de la Cruz, a la sazón prior en Los Mártires, allanó el camino, tomando por él su nombre de religión: María de la Cruz. Fue ésta también una notable escritora mística, de la que el convento de Úbeda guarda cinco manuscritos, conservándose otro (la biografía de Catalina M.ª de Jesús, de quien después hablaremos) en el Archivo Histórico Nacional, habiendo sido hecha desaparecer el resto de su producción literaria (hasta trece obras escribió en total) por las autoridades eclesiásticas. María de la Cruz será la que orqueste el traslado de la comunidad desde la collación de San Lorenzo a la calle Montiel.
Aunque en 1612 ya estaban comenzadas las obras de la nueva fundación, los gastos ocasionados por tantas y apresuradas mudanzas y por las compras, a lo que se unía el hecho de no contar la fundación con patrón, hizo que durante largo tiempo el convento fuese una acumulación desordenada de distintas viviendas, mal conectadas entre sí».