Entramos ahora a la basílica donde estuvo enterrado el santo carmelitano. En una sola nave se encuentran: cabecera octogonal cubierta por un retablo barroco; rotonda con la escultura yacente del Santo y cuatro frescos alegóricos a su literatura de Francisco Palma Burgos; y el pequeño coro alto donde actualmente están algunas reliquias de San Juan (en una arqueta de plata repujada pueden venerarse tibia, peroné y radio del Santo, junto con una decena de su rosario).